Первые контакты между Россией и Ватиканом на государственном уровне восходят к концу XV века, когда Иван Грозный принимал папских дипломатов. С конца XVIII века временные миссии Папы к русским царям начинают приобретать регулярный характер.

В 1783 г. в Россию прибыл «посол Ватикана со специальными миссиями». Первое представительство России при Ватикане было аккредитовано в 1817 г.

С 1865 г. по 1893 г. дипломатические отношения прерываются из-за вмешательства Ватикана в польские дела и возобновляются лишь после вступления на престол Николая II. Дипотношения с Ватиканом сохранялись и при временном правительстве.

В первые годы после Октябрьской революции были попытки завязать двусторонние отношения, однако они закончились безрезультатно, и новые шаги в этом направлении возобновляются лишь в начале 60-х годов XX столетия.

Договоренность об установлении официальных отношений между СССР и Ватиканом была достигнута 1 декабря 1989 г. во время встречи М.С.Горбачева с Папой Римским Иоанном Павлом II во время официального визита советского руководителя в Ватикан. Соответственно, официальные отношения были установлены в январе-марте 1990 г. Состоялся обмен нотами, после чего в 1992 г. при Ватикане был аккредитован российский Представитель в ранге Чрезвычайного и Полномочного Посла, а в Российской Федерации – Представитель Святого Престола в ранге Апостольского нунция.

Прагматичный подход к взаимодействию с Ватиканом в международных делах, расширившиеся двусторонние связи, а также активизация межцерковного диалога создали условия для принятия решения о повышении уровня отношений с Ватиканом до полноформатных дипломатических.

22 ноября 2009 г. Президент Российской Федерации подписал Указ № 1330 «Об установлении дипломатических отношений с Ватиканом». 3 декабря 2009 г. Президент Российской Федерации и Папа Бенедикт XVI на встрече в Ватикане приняли соответствующее решение. 9 декабря 2009 г. в Ватикане состоялся обмен нотами между МИД России и Государственным секретариатом Ватикана, которым было юридически оформлено установление с 9 декабря 2009 г. дипломатических отношений между Российской Федерацией и Ватиканом на уровне Посольства Российской Федерации в Ватикане и Апостольской нунциатуры в Российской Федерации.

Важной составляющей двустороннего политического диалога являются встречи на высшем уровне. С Папой Иоанном Павлом II встречались в Ватикане руководители СССР и России: М.С.Горбачев (1989 г.), Б.Н.Ельцин (1991 и 1998 гг.), В.В.Путин (2000 и 2003 гг.). С Папой Бенедиктом ХVI – В.В.Путин (2007 г.) и Д.А.Медведев (2009 и 2011 гг.), с Папой Франциском – В.В.Путин (2013 и 2015 гг.).

4 сентября 2013 г. Франциск направил послание Президенту Российской Федерации В.В.Путину в связи с проведением в Санкт-Петербурге саммита «Группы двадцати», в котором дал высокую оценку российскому председательству в этом формате, а также решительно выступил против силового варианта решения сирийского вопроса.

17 декабря 2016 г. состоялся телефонный разговор между Президентом Российской Федерации В.В.Путиным и Папой Франциском по случаю 80-летия понтифика.

Контакты на уровне глав внешнеполитических ведомств имели место в Ватикане в 2004, 2005, 2007 гг. Позже, Секретарь по отношениям с государствами Ватикана (руководитель внешнеполитической службы Святого Престола) Д.Мамберти в марте 2009 г. посетил Москву, где состоялись его переговоры с С.В.Лавровым. В декабре 2015 года состоялась встреча Секретаря по отношениям с государствами Ватикана П.Галлахера и С.В.Лаврова. 2 декабре 2016 г. в ходе визита в Ватикан С.В.Лаврова состоялись его переговоры с государственным секретарем П.Паролином и главой дипслужбы П.Галлахером.

Консультации по интересующим обе стороны вопросам ведутся на регулярной основе на уровне руководства МИД России и внешнеполитического ведомства Ватикана. Россия и Ватикан сотрудничают в ООН, а также в других международных организациях – ОБСЕ, Совете Европы.

В 2011-2013 гг. проводились встречи по линии Совета Федерации и специального представителя Президента Российской Федерации по вопросам международного сотрудничества в борьбе с терроризмом и транснациональной организованной преступностью.

В конце февраля 2014 г. в Ватикан состоялся визит делегации руководства Императорского православного палестинского общества во главе с его председателем С.В.Степашиным, в составе которой был заместитель Министра иностранных дел Российской Федерации М.Л.Богданов, проведены консультации по ближневосточной и сирийской тематике, состоялась краткая встреча с Папой Римским.

В декабре 2015 г. Уполномоченный МИД России по вопросам прав человека, демократии и верховенства права К.К.Долгов провел рабочие встречи с руководством Секретариата Ватикана по отношениям с государствами и был принят его главой П.Галлахером.

Активно развивается сотрудничество по линии науки образования.

Большой объем совместной работы в области исторической науки осуществляют Институт всеобщей истории (ИВИ) РАН и Папский комитет исторических наук. В октябре 2013 г. подписано соглашение о сотрудничестве между указанными научными учреждениями двух стран на 5-летний срок. Регулярно проходят научные конференции.

Председатель Папского совета по вопросам семьи архиепископ В.Палья принимал участие 5-7 декабря 2012 г. в международной конференции «Церковь и бедные. Православные и католики в служении милосердия» и 26-28 декабря 2013 г. в международной богословской конференции «Современная библеистика и Предания церкви».

30 сентября – 1 октября 2013 г. в Риме состоялся очередной коллоквиум в рамках международного проекта «Религиозное образование в России и Европе в Новое и Новейшее время», посвященный религиозному образованию в конце XIX – начале XX века, в организации которого принял участие Институт всеобщей истории РАН (ИВИ РАН).

Расширяются российско-ватиканские контакты в сфере культуры.

В апреле 2011 г. состоялся визит Министра культуры Российской Федерации в Ватикан, в ходе которого стороны обсудили вопросы российско-ватиканского культурного сотрудничества.

С 14 апреля по 11 июня 2011 г. в зале Рафаэля Ватиканских музеев благотворительным культурно-историческим фондом «Связь времен» была организована выставка «Фаберже. Святые образы», на которой были представлены 140 экспонатов, принадлежавших царской семье и представителям русской и европейской аристократии.

Ватиканские музеи предоставили для экспонирования в рамках выставки «Караваджо (1571-1610). Картины из собрания Италии и Ватикана» (26 ноября 2011 г. – 19 февраля 2012 г., ГМИИ им. А.С.Пушкина) один из шедевров художника – «Положение во гроб».

В Государственном центральном музее современной истории России с 29 октября по 8 декабря 2013 г. проходила выставка «Обратная перспектива. Предметный мир восточного и западного христианства середины XIX-XX вв.», посвященная литургическим традициям Восточной и Западной Церквей.

В Музеях Ватикана с 2 октября 2013 г. по 4 января 2014 г. при поддержке Государственного Эрмитажа прошла выставка «Драгоценная античность. Светский музей времен Пия VI».

В 2014 г. в результате договоренности между ОВЦС МП, Патриаршим и Папским советами по культуре в Москве были проведены Фестиваль традиционной европейской христианской культуры с участием выдающихся отечественных и иностранных исполнителей и Всемирный конгресс семей

В декабре 2015 г. заместитель Префекта Папского Совета по культуре К.А.Азеведо по приглашению Министра культуры Российской Федерации В.Р.Мединского принял участие в работе IV Санкт-Петербургского международного культурного форума.

26 февраля 2016 г. между Федеральным архивным агентством (Росархивом) и Ватиканским секретным архивом был подписан Рамочный протокол о сотрудничестве, который стал первым двусторонним документом после установления дипотношений с Ватиканом.

В ноябре 2016 г. – марте 2017 г. в Москве была проведена выставка под названием «Roma Aeterna. Шедевры Пинакотеки Ватикана. Беллини, Рафаэль, Караваджо». На 2017-2018 гг. в Музеях Ватикана запланирована ответная выставка из Третьяковской галерее под названием «Рафаэль и Иванов. Преображение и Явление».

Активно развивается взаимодействие между Россией и Ватиканом в сфере здравоохранения. 19 сентября 2011 г. в Москве было подписано соглашение о сотрудничестве между Научно-практическим центром медицинской помощи детям с пороками развития черепно-лицевой области и врожденными заболеваниями нервной системы департамента здравоохранения города Москвы и католической детской клиникой «Бамбино Джезу» (Рим), предусматривающее обмен опытом, проведение стажировок специалистов, совместные научные публикации.

Наряду с межгосударственным российско-ватиканским сотрудничеством активно развивается и диалог по линии двух церквей, РПЦ и РКЦ. Исторической стала встреча Патриарха Московской и всея Руси Кирилла и Папы Римского Франциска в Гаване 12 февраля 2016 г.